由于種種難以駕馭的原因，二天堂大藥房，二天堂在上世紀中期開始暫停服務40多年。直至1989年春，第一家分店選址于廣州沙河二橫路（即沙河電影院對面）重新開業，新的二天堂在秉承先輩的基礎上根據社會的需求大幅度調整與拓展公司的業務。同年成立了制藥廠和科研中心，為保障藥材的選材地道，在四川、云南、廣西等地設立自己的中藥材基地，種植面積達十幾萬畝。
    2000年初二天堂獲得國家有關部門正式批準成為醫藥零售連鎖企業資格，同年10月25日廣州二天堂大藥房連鎖有限公司注冊成立，目前公司旗下在國內擁有二百多家分店，兩家網店，五千多平方米的藥品配送中心，現有員工一千九百多人，其中具備藥師職稱的有八百多人，實體店擁有忠實會員70余萬人。
    目前二天堂已擁有多家子公司專注于健康、環保、綠色產業的發展，業務遍及科研、制藥、批發、醫療、化妝品、中藥廠、藥膳、中藥材養殖基地、餐飲、電子商務等項目，為社會提供更為多元的服務。

二天堂大藥房怎么樣？“二天堂”商號源自明代啟蒙讀物《幼學瓊林》中的兩句“感救死之恩，曰再造；誦再生之德，曰二天。”二天堂的前輩創業者，就是懷著這種治病救人，施藥濟世的慈悲，為病患者重鑄第二次生命，再造第二重生天。

清末年間，二天堂在廣州一德西路483號開設了店鋪。二天堂大藥房，之后，在上海北四川路1315-1317號、以及香港、馬來西亞、越南、柬埔寨、印尼、泰國、新加坡等東南亞地區陸續開設分號，都在大門外懸掛起“二分蒼生情入藥，天道酬勤仁者醫”的楹聯，寄寓了二天堂人創業以來一直秉承的悲憫情懷。